Batsu Harem mengikuti kisah seorang pria muda yang secara tak terduga terlibat dalam situasi di mana ia dikelilingi oleh banyak wanita dengan kepribadian yang berbeda-beda. Konflik dan dinamika sosial muncul saat ia mencoba memahami perasaannya sendiri dan hubungan yang berkembang antara mereka. Cerita berkembang dengan memperlihatkan bagaimana protagonis menghadapi tantangan dan dilema emosional sekaligus tumbuh dan belajar tentang pentingnya kejujuran serta pengertian dalam hubungan interpersonal yang rumit.