Fushigi no Mayuri-san menceritakan tentang Mayuri, seorang gadis misterius dengan kekuatan supernatural yang tanpa sengaja menarik perhatian orang-orang di sekitarnya. Ia harus menghadapi berbagai tantangan dan rahasia masa lalunya yang mulai terungkap secara perlahan. Dalam perjalanannya, Mayuri bertemu dengan berbagai karakter unik yang membantunya memahami arti persahabatan dan keberanian. Cerita ini menggambarkan perjalanan seorang remaja yang mencoba menemukan jati dirinya sambil menjaga rahasia besar yang dimilikinya.