Hisshou Dungeon Unei Houhou mengikuti kisah seorang pemuda yang mendapatkan kesempatan untuk mengelola sebuah penjara yang dibangun di dalam dunia fantasi. Penjara ini dirancang untuk menampung para penjahat kuat dan monster berbahaya yang mengancam kedamaian dunia. Sang tokoh utama menggunakan strategi cerdas dan inovatif untuk mengelola penjara sekaligus memastikan tahanan tidak dapat kabur. Seiring waktu, ia menghadapi berbagai tantangan mulai dari pemberontakan tahanan, intrik politik, hingga konflik antar ras. Dengan kemampuan manajerial dan pengalamannya, dia berusaha mengubah penjara tersebut menjadi tempat yang aman dan terorganisir, yang juga berperan penting dalam menjaga keseimbangan dunia fantasi tersebut.