Kenja no Mago menceritakan tentang seorang pemuda yang bereinkarnasi dan dibesarkan oleh penyihir legendaris di dunia fantasi. Diberi nama Shin Wolford, dia melampaui batas kemampuan manusia biasa dengan kekuatan sihir dan pengetahuan yang luar biasa sejak kecil. Namun, Shin harus menyesuaikan diri dengan dunia luar yang penuh tantangan dan konflik politik kerajaan. Dalam perjalanannya, Shin menggunakan keahlian uniknya untuk menghadapi berbagai musuh dan mengungkap misteri masa lalunya. Cerita ini menyajikan perpaduan petualangan, aksi, dan pengembangan karakter dengan tema pertumbuhan dan penerimaan diri di tengah tekanan sosial dan kekuasaan dunia sihir.