Sahara the Flower Samurai mengikuti kisah Sahara, seorang pendekar wanita muda yang mewarisi keahlian pedang dari keluarga kunonya. Di tengah kekacauan zaman feodal, Sahara berjuang melindungi desanya dari ancaman kekuatan jahat menggunakan kekuatan dan keindahan bunga sebagai simbol kekuatan dan ketangguhan. Dalam perjalanannya, Sahara menghadapi berbagai musuh dan situasi sulit yang menguji keberanian dan tekadnya. Dengan setiap pertarungan, ia tidak hanya mempertahankan kehormatan keluarganya tetapi juga menemukan arti sebenarnya dari kekuatan dan belas kasih dalam dunia yang keras dan penuh konflik ini.