Strobe Edge bercerita tentang Ninako Kinoshita, seorang siswi SMA yang menjalani kehidupan biasa hingga dia mulai merasakan cinta pertama pada teman sekelasnya, Ren Ichinose. Meskipun Ren ternyata sudah memiliki pacar, Ninako tetap berusaha memahami perasaannya dan belajar tentang arti cinta sejati dan persahabatan. Perjalanan Ninako tidak hanya soal cinta tetapi juga pertumbuhan diri. Ia menghadapi kebingungan dan kekecewaan, sambil tetap menjaga kejujuran pada perasaan sendiri dan orang lain. Cerita ini menghadirkan momen manis serta realistis yang menggambarkan rumitnya perasaan remaja.