Sword Art Online Progressive mengikuti petualangan Kirito dan Asuna yang terjebak dalam permainan realitas virtual berbahaya. Mereka harus menyelesaikan setiap lantai Menara Aincrad untuk bisa keluar hidup-hidup sambil menghadapi berbagai tantangan dan musuh yang terus berkembang. Dalam perjalanan ini, Kirito dan Asuna tidak hanya berjuang untuk bertahan hidup, tetapi juga membangun ikatan yang semakin kuat di antara mereka. Cerita ini menggambarkan setiap detail perjalanan mereka mulai dari awal sehingga memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang perjuangan dan hubungan mereka.