Tokyo Shinobi Squad mengikuti perjalanan sekelompok ninja muda yang berjuang melindungi kota Tokyo dari ancaman kekuatan gelap yang tersembunyi di balik kehidupan modern. Mereka harus menggabungkan tradisi kuno dan teknologi mutakhir untuk mengungkap konspirasi besar yang mengancam kedamaian masyarakat. Setiap anggota squad memiliki kemampuan unik yang saling melengkapi dalam menghadapi musuh yang semakin kuat. Selain beraksi sebagai ninja, mereka juga menghadapi dilema pribadi dan konflik yang membuat cerita ini semakin mendalam dan relevan dengan kehidupan urban saat ini.